Mezi základní části aquaponického systému patří: rybí nádrž, mechanický filtr, biologický filtr, hydroponická pěstební část a sběrná nádrž. Tyto komponenty dohromady tvoří uzavřenou smyčku, kterou kontinuálně protéká voda, obohacována o živiny v rybí části systému a kontinuálně pročišťována v části pěstební. Celý systém je pak poháněn čerpadly, které zajišťují optimální průtok vody.
Ve fázi projektování nové aquaponické farmy či rekonstrukce již stávající je kladen velký důraz na umístění základních komponent, především ve vertikálním směru. Vertikální uspořádání jednotlivých částí aquaponického systému hraje důležitou roli právě v rámci snahy minimalizovat energetickou náročnost celého procesu. Pokud tedy v cestě nestojí např. prostorové omezení či nevhodná infrastruktura rekonstruovaného objektu, je žádoucí maximálně využít gravitaci a uspořádání jednotlivých komponent volit dle následujících schémat. Projekt na zelené louce má v tomto směru velkou výhodu.