Provoz každého aquaponického systému se neobejde bez řádné péče o vodu. Voda je klíčovým médiem celého procesu a její kvalita dramaticky ovlivňuje produkci ryb i rostlin, a tedy profitabilitu celého systému. Při řízené úpravě vody pro dosažení optimálního složení je nutné balancovat mezi složením vhodným pro ryby a pro rostliny.
Pro určení kvality vody lze sledovat několik parametrů, z nichž některé lze analyzovat měřicími senzory v reálném čase, jiné je nutné analyzovat rozborem vody v laboratoři v pravidelných intervalech. V aquaponické farmě v Přáslavicích jsou použity obě tyto metody. Mezi veličiny měřené kontinuálně patří pH, elektrická vodivost (EC), rozpuštěný kyslík, celkové rozpuštěné látky, salinita a teplota. Detailní obsah živin (zejména N, P a K), minerálů, znečišťujících látek a další parametry jsou analyzovány v akreditovaných laboratořích.
Mezi 2 nejdůležitější měřené veličiny patři pH a elektrická vodivost (EC). Hodnota pH vyjadřuje kyselost či zásaditost vody. Čím nižší pH, tím je voda více kyselá. Optimální hodnota pH je individuální v každém systému. Obecně by se však měla pohybovat v rozmezí 6,5 – 7,0. Značné výkyvy pH oproti normálu značí narušení rovnováhy v systému.