Pro aquaponický systém je možné zvolit standardní čerpadla používaná při chovech ryb v recirkulačních systémech.
Praxe ukázala, že pro bezproblémový chod je třeba volit dostatečnou tloušťku potrubí. Pro komerční systém průměr alespoň 100mm. Pro hobby systém kolem 50mm. Zvláště pro část přímo navazující na rybí nádrže, kde vzniká dost kalu, malá tloušťka potrubí způsobí zanášení a ucpávání.
Optimální bakteriální kultura je nedílnou součástí systému.
Řešení a problematika koloběhu dusíku je klíčovým problémem aquaponických systémů. Nezvládnutí tohoto problému má fatální následky na produkci systému a tím na celkovou rentabilitu produkčního systému.
Hlavní výhodou aquaponických systémů je využití odpadních produktů vzniklých metabolickými pochody ryb. Jedná se o tuhé látky ve formě rybích exkrementů z nespotřebovaného krmiva a dále o plynné látky hlavně dusíkaté a oxid uhličitý.
Dusíkaté látky se dělí do tří základních skupin. První skupina jsou látky amoniakální (volný čpavek NH3 nebo vázaný čpavek ve formě amonných solí NH4). Druhou skupinou jsou nitrity NO2 a třetí skupina jsou dusičnany NO3. Za normálních okolností je celkový dusík vyloučený rybami tvořen z až 60% amoniakem.